De volgende stap is om gist toe te voegen aan het wort. De gist zal de suikers in de wort om gaan zetten in alcohol en er bier van maken. Tijdens de vergisting worden 2 tot 3 stappen onderscheiden:
de hoofdvergisting
de secundaire vergisting/lagering
vaak ook de navergisting op fles.
Hoofdvergisting:
Afhankelijk van het type vergisting worden hierbij verschillende temperaturen aangehouden. Hierbij is met name van belang of er sprake is van:
bovengisting: bovengisting is de meest klassieke vergisting. Deze vergisting vindt plaats rond kamertemperatuur (15-25 graden celsius) en wordt toegepast bij bijna alle speciaalbieren. Tijdens de hoofdvergisting drijft de gist bovenop het wort. Nadat de hoofdvergisting (na een kleine week) is afgelopen zakt de gist naar beneden.
ondergisting: ondergisting wordt met name toegepast bij het maken van pilsbieren. Deze vergisting vindt plaats bij een temperatuur van 4-12 graden Celsius. Ondergisting kost in de regel meer tijd dan bovengisting. Tijdens de hoofdvergisting zit de gist onderin de vergistingstank. Ondergisting is nieuwer dan bovengisting. Hiervoor wordt gebruik gemaakt van de zogenaamde Saccharomyces carlsbergensis, welke in 1883 beschreven is door Emil Christian Hansen, die werkte voor de Deense Carlsberg brouwerij.
Lagering/secundaire vergisting:
Na de hoofdvergisting wordt het bier overgebracht naar andere vaten/tanks waar het bier kan lageren en op smaak kan komen. Bier lagert meestal een week of 2. Het idee hierachter is dat het jonge bier niet meer in contact staat met de gistkoek onderin. Hierdoor wordt voorkomen dat de smaak van dode gistcellen in het bier terecht kan komen. Tijdens deze fase komt het bier ook op smaak. Tijdens de hoofdvergisting heeft de gist een aantal stoffen geproduceerd met een ongewenst smaakeffect, o.a. diacetyl. Die worden in deze latere fase door de gist zelf weer opgeruimd. Deze vergisting vindt meestal plaats onder iets koelere omstandigheden dan de hoofdvergisting.