Na het klaren wordt het wort gekookt. Het koken vervult drie functies - het stoppen van de werking der enzymen, het isomeriseren van de toegevoegde hop en het steriliseren van het water. Vroeger werd de hop in de vorm van gedroogde bloembellen toegevoegd, maar tegenwoordig kan ook voor geconcentreerde stroop (hopextract) of poeder (hoppellets) gekozen worden. De hopbellen zijn doorgaans aromatischer als men dit vergelijkt met hopextract en zullen in het eindproduct nadrukkelijker aanwezig zijn. Hoe meer hop er wordt gebruikt, hoe bitterder het bier en des te meer hoparoma aanwezig is in het bier. Hop zorgt echter niet alleen voor de bittere smaak van bier, maar ook voor een stabiele schuimkraag, betere conserveringen en niet vergeten het distincte aroma van het bier. Tevens zorgen het kookproces en de hop ervoor dat een groot deel van de in het wort aanwezige eiwitten uitvlokken en afgefilterd kunnen worden. Door het gedeeltelijk verdampen van het water stijgt de concentratie suikers (het zogenaamde stamwortgehalte): het bier wordt voller en zwaarder. De hop of hopproducten moeten gekookt worden, anders worden de bitterstoffen en het hoparoma niet vrijgegeven in het wort; dit heet het isomeriseren van de alfa- en bètazuren. De geïsomeriseerde alfazuren en bètazuren smaken bitter, de niet geïsomeriseerde alfazuren en bètazuren smaken niet bitter.